Dilansir dari Kompas.com dalam artikel 'Ditunjuk Prabowo Jadi Penasihat Khusus, Ini Profil Sjafrie Sjamsoeddin', Sjafrie merupakan lulusan Akabri 197, satu angkatan dengan Prabowo.

Setelah lulus dari Akabri, pria kelahiran Ujungpandang 30 Oktober 1952 ini kemudian melanjutkan pendidikannya di bidang bisnis dan meraih gelar MBA tahun 1993.

Karier militernya dimulai di lingkungan Baret Merah dengan jabatan sebagai Danton Grup I, Danki II Grup I, Pa Intel Grup I, Dan Satlak Pengawal Pribadi Presiden RI, Wadan Yon Grup I, Danyon I Grup I, Waasops Dan Kopassus (1975-1991).

Selain itu, ia pernah bertugas sebagai pengawal pribadi Presiden Soeharto dalam setiap kunjungan ke luar negeri.

Sjafrie pernah menjabat Wakil Asisten Operasi Komandan Kopassus sejak 2 Juni 1993 dan Komandan Grup A Pasukan Pengaman Presiden.

Awal Maret 1995, Sjafrie menjabat sebagai Komandan Korem (Danrem) 061 Suryakencana Bogor.

Kurang dari satu tahun kemudian, 1 Februari 1996, Sjafrie menjadi Kepala Staf Garnisun (Kasgar) I Ibu Kota dengan pangkat brigadir jenderal.

Pada Agustus 1996, Sjafrie menjabat sebagai Kepala Staf Kodam Jaya. Saat itu, ia menggantikan posisi Mayjen Susilo Bambang Yudoyono.

Satu tahun kemudian, Sjafrie diangkat menjadi Panglima Kodam Jaya pada tahun 1997.

Ia menggantikan posisi Mayjen TNI Sutiyoso setelah terpilih sebagai Gubernur DKI Jakarata.

Sjafrie juga pernah menjabat sebagai Koordinator Staf Ahli (Korsahli) TNI pada tahun 2001.

Setelah itu, ia diangkat menjadi Kepala Pusat Penerangan (Puspen) TNI, menggantikan Marsekal Muda Graito Usodo pada tahun 2002.

Pada 2005, Sjafrie diangkat sebagai Sekretaris Jenderal Departemen Pertahanan.

Namun, unjuk rasa puluhan korban pelanggaran hak asasi manusia mewarnai pelantikan Sjaffrie.

Mereka mempersoalkan diangkatnya Sjafrie yang diduga terkait dalam kerusuhan Mei 1998 di Jakarta, seperti diberitakan Harian Kompas, 16 April 2005.